Nel laboratorio di analisi bio-farmaceutica e farmaceutica si effettuano analisi di macromolecole, in particolare proteine e peptidi, mediante approccio LC-MS o LC-MS/MS. Importanti informazioni strutturali possono essere ottenute sia mediante analisi di proteine intatte (approccio top-down) che mediante analisi dei peptidi derivanti dalla digestione enzimatica delle proteine stesse (approccio bottom-up). Tali tecniche sono altamente informative e permettono i) di effettuare identificazioni proteiche, ii) di valutare la purezza dei campioni in esame e iii) di studiare alterazioni strutturali dovute sia a processi patologici ma anche a modifiche post-traduzionali. Il laboratorio si avvale anche di sistemi automatizzati che consentono di ottenere una rapida digestione triptica delle proteine in esame riducendo notevolmente il tempo totale di analisi.