Biologia Molecolare e Genomica dei Procarioti. Coordinatore: Roncarati

Studio dei meccanismi molecolari alla base della regolazione della virulenza batterica, con particolare attenzione a regolatori trascrizionali proteici e RNA non codificanti, mediante approcci integrati di biologia molecolare, -omics e bioinformatica.

Ambiti: Genomica

Il gruppo di ricerca si occupa dello studio della regolazione genica in importanti batteri patogeni, con un particolare focus su patogenesi batterica, meccanismi di risposta a stimoli/stress ambientali e dei meccanismi molecolari che regolano le interazioni tra microrganismi patogeni e ospite. L'attività scientifica è focalizzata in particolare sul ruolo di regolatori proteici (regolatori trascrizionali) e di RNA non codificanti nei processi di regolazione trascrizionale e post-trascrizionale nel controllo della virulenza e delle risposte adattative batteriche.

Le principali linee di ricerca sono le seguenti:

  • Studio del ruolo e dei meccanismi molecolari di regolazione di regolatori trascrizionali che operano in risposta a stimoli ambientali di varia natura, quali heat-shock, stress ossidativo, disponibilità di ioni metallici. Partendo dall'implementazione di metodiche genome-wide (RNA-sequencing e ChIP-sequencing), la ricerca si avvale di approcci molecolari/strutturali per la definizione dei dettagli molecolari del meccanismo di regolazione e di interazione regolatore-DNA.
  • Caratterizzazione del ruolo funzionale e dei meccanismi di regolazione adottati da RNA non codificanti batterici. Anche per questa linea di ricerca approcci omici e molecolari vengono integrati.

Membri del Laboratorio

Davide Roncarati, Professore Associato

Andrea Vannini, Professore Associato

Clelia Manna, Dottoranda 

Mattia Nicolò Li Volsi, Dottorando 

Progetti di internato

  • Una o due posizioni / anno per studenti iscritti a corsi di laurea magistrale
  • Due o tre posizioni / anno per studenti iscritti a corsi di laurea (triennale)

Le attività di tirocinio degli studenti reclutati saranno inerenti ai progetti di ricerca del gruppo (descritti sopra).

Pubblicazioni significative

  • D'Agostino F, Pinatel E, Meynhardt A, Scarlato V, Vannini A, Roncarati D. (2025). RNase Y mediates posttranscriptional control of the virulence-associated CncR1 small-RNA in Helicobacter pylori. iScience. 28(2):111815.https://doi.org/10.1016/j.isci.2025.111815
  • Vannini A, Pinatel E, Costantini PE, Pelliciari S, Roncarati D, Puccio S, De Bellis G, Scarlato V, Peano C, Danielli A. (2024). (Re)-definition of the holo- and apo-Fur direct regulons of Helicobacter pylori. J Mol Biol. 436(10):168573.https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168573
  • Antoniciello F, Roncarati D, Zannoni A, Chiti E, Scarlato V. & Chiappori F. (2022). Targeting the Essential Transcription Factor HP1043 of Helicobacter pylori: A Drug Repositioning Study. Frontiers in molecular biosciences, 2022, 9: 887564. https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.887564
  • Roncarati D, Pelliciari S, Doniselli N, Maggi S, Vannini A, Valzania L, Mazzei L, Zambelli B, Rivetti C, Danielli A. (2016). Metal-responsive promoter DNA compaction by the ferric uptake regulator. Nat Commun. 7:12593. https://doi.org/10.1038/ncomms12593
  • Vannini A, Roncarati D, Danielli A. (2016). The cag-pathogenicity island encoded CncR1 sRNA oppositely modulates Helicobacter pylori motility and adhesion to host cells. Cell Mol Life Sci. 73(16):3151-68. https://doi.org/10.1007/s00018-016-2151-z

Contatti