Genomica Funzionale ed Epigenetica. Coordinatore: Perini

Le tematiche principali del gruppo riguardano la definizione dei meccanismi molecolari ed epigenetici che sono alla base dell’insorgenza e progressione del cancro pediatrico con particolare enfasi sui tumori solidi che originano dal tessuto nervoso (neuroblastoma, medulloblastoma e retinoblastoma)

Temi di ricerca del gruppo

Il gruppo si occupa di genetica del cancro ed in particolare dei meccanismi molecolari ed epigenetici che riguardano l’insorgenza e la progressione di particolari tumori pediatrici quali il neuroblastoma, il medulloblastoma e il retinoblastoma. Recentemente il gruppo ha iniziato ad occuparsi di malattie genetiche del muscolo scheletrico e del muscolo cardiaco e del possibile utilizzo dell’editing genomico per la cura di queste malattie. Gli studi sono condotti utilizzando numerose metodologie molecolari che vanno dalla manipolazione degli acidi nucleici e dei genomi in vitro (vettori di clonaggio ed espressione eucariotici) ed in vivo (Crispr/CAS9) ad approcci genome-wide per lo studio dei trascrittomi (RNA-seq) e delle modificazioni epigenetiche a carico del DNA (metiloma) e della componente proteica della cromatina (modificazioni istoniche, ChIP-seq) nonché alla possibilità di ricapitolare in vitro specifiche interazioni DNA/proteina e proteina/proteina attraverso tecniche quali Co-IP, PLA (Proximal Ligation Assay), BiFC (Bimolecular Fluorescence Complementation) GST Pull down e EMSA. Gli studi si avvalgono sostanzialmente di modelli cellulari ottenuti da tumori primari, dell’utilizzo di cellule iPSCs da pazienti e dalla modellizzazione di alcuni meccanismi in Drosophila melanogaster, Danio Rerio Mus musculus.

Membri del Laboratorio

Giovanni Perini, Professore Ordinario

Francesco Chemello, Professore Associato

Nicola Facchinello,  Professore Associato

Roberto Bernardoni, Ricercatore 

Giorgio Milazzo,  RTDb

Suleman Khan Zadran, Assegnista di ricerca

Marta Palombo, Assegnista di ricerca

Martina Santulli, Dottoranda

Elisa Dell'Anna, Dottoranda

Leonardo Cimadom, Dottorando

Lorenzo Scrofani, Dottorando

Francesca Colli, Assegnista di ricerca

Christian Santangeli, Assegnista di ricerca

Posizioni disponibili e Progetti di internato

  • Caratterizzazione funzionale del complesso MYCN/E2F3 in neuroblastoma e identificazione dei fattori di modificazione della cromatina che controllano la formazione del complesso
  • Studio in vivo del ruolo dell'interazione funzionale tra Myc e E2F nella regolazione di proliferazione e differenziamento cellulare.
  • Caratterizzazione funzionale del gene PRR12 e sue implicazioni in “Neuroocular syndrome”.
  • Studio e ottimizzazione di nuove metodologie di drug delivery in cancer.
  • Caratterizzazione di nuovi complessi HDAC in tumori con amplificazione dell’oncogene MYCN.
  • Utilizzo di tecnologie di genome editing per la correzione di mutazioni che causano la distrofia muscolare di Duchenne.
  • Lo Zebrafish come modello sperimentale per lo studio delle malattie umane.

Pubblicazioni significative

  • Murray, J.E.*, Valli, E.*, Milazzo, G.*, … , Giovanni Perini, Michelle Haber & Murray D. Norris et al. The transcriptional co-repressor Runx1t1 is essential for MYCN-driven neuroblastoma tumorigenesis. Nat Commun 15, 5585 (2024).  https://doi.org/10.1038/s41467-024-49871-0. *Co first authors.
  • Brañas Casas R, Zuppardo A, Risato G, Dinarello A, Celeghin R, Fontana C, Grelloni E, Gilea AI, Viscomi C, Rasola A, Dalla Valle L, Lodi T, Baruffini E, Facchinello N, Argenton F, Tiso N. Zebrafish polg2 knock-out recapitulates human POLG-disorders; implications for drug treatment. Cell Death Dis. 2024 Apr 20;15(4):281. doi: 10.1038/s41419-024-06622-9
  • Chai AC*, Chemello F*, Li H, Nishiyama T, Chen K, Zhang Y, Sánchez-Ortiz E, Alomar A, Xu L, Liu N, Bassel-Duby R, Olson EN. Single-swap editing for the correction of common Duchenne muscular dystrophy mutations. Mol Ther Nucleic Acids 2023;32:522-535. *Co first authors.
  • Messelodi D, Strocchi S, Bertuccio SN, Baden P, Indio V, Giorgi FM, Taddia A, Serravalle S, Valente S, di Fonzo A, Frattini E, Bernardoni R, Pession A, Grifoni D, Deleidi M, Astolfi A, Pession A. (2023). Neuronopathic Gaucher disease models reveal defects in cell growth promoted by Hippo pathway activation. Commun Biol. 2023 Apr 19;6(1):431. doi: 10.1038/s42003-023-04813-2. PMID: 37076591
  • Tao, L., Mohammad, M.A., Milazzo, G., … ,  Giovanni Perini, Cristian Coarfa & Eveline Barbieri et al. MYCN-driven fatty acid uptake is a metabolic vulnerability in neuroblastoma. Nat Commun 13, 3728 (2022).https://doi.org/10.1038/s41467-022-31331-2

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