Genomica funzionale ed Epigenetica. Coordinatore: Perini

Le tematiche principali del gruppo riguardano la definizione dei meccanismi molecolari ed epigenetici che sono alla base dell’insorgenza e progressione del cancro pediatrico con particolare enfasi sui tumori solidi che originano dal tessuto nervoso (neuroblastoma, medulloblastoma retinoblastoma)

Temi di ricerca del gruppo

Il gruppo si occupa da anni di genetica del cancro ed in particolare dei meccanismi molecolari ed epigenetici che riguardano l’insorgenza e la progressione di particolari tumori pediatrici quali il neuroblastoma, il medulloblastoma e il retinoblastoma. Lo studio è condotto utilizzando numerose metodologie molecolari che vanno dalla manipolazione degli acidi nucleici e dei genomi in vitro (vettori di clonaggio ed espressione eucariotici) ed in vivo ( CRISPR/CAS9) ad approcci genome-wide per lo studio dei trascrittomi (RNA-seq) e delle modificazioni epigenetiche a carico del DNA (metiloma) e della componente proteica della cromatina ( modificazioni istoniche, ChIP-seq) nonché alla possibilità di ricapitolare in vitro specifiche interazioni DNA/proteina e proteina/proteina attraverso tecniche quali Co-IP, PLA (Proximal Ligation Assay), BiFC (Bimolecular Fluorescence Complementation) GST Pull down e EMSA. Gli studi si avvalgono sostanzialmente di modelli cellulari ottenuti da tumori primari e dalla modellizzazione di alcuni meccanismi in Drosophila melanogaster

Membri del Laboratorio

Prof. Giovanni Perini coordinatore

Dott. Roberto Bernardoni ricercatore a tempo indeterminato

Dott. Federico Manuel Giorgi RTD-b

Dott.ssa Stefania Purgato Assegnista

Dott. Giorgio Milazzo Assegnista

Dott. Paolo Pigini Dottorando

Dott. Roberto Ciaccio Borsista post-laurea

Sig.ra Donatella manzoni, Tecnico per le colture cellulari

Progetti di internato (2)

Progetti d’internato per Laurea magistrale.

  1. Caratterizzazione funzionale del complesso MYCN/p53 in neuroblastoma e identificazione dei fattori di modificazione della cromatina che controllano la formazione del complesso
  2. Utilizzo del sistema CRISPR/CAS9 per lo studio del fattore CHAF1 nella progressione del neuroblastoma.

Pubblicazioni significative

Wong M, Tee AEL, Milazzo G, Bell JL, Poulos RC, Atmadibrata B, Sun Y, Jing D, Ho N, Ling D, Liu PY, Zhang XD, Hüttelmaier S, Wong JWH, Wang J, Polly P, Perini G, Scarlett CJ, Liu T. The Histone Methyltransferase DOT1L Promotes Neuroblastoma by Regulating Gene Transcription. Cancer Res. 2017 May 1;77(9):2522-2533. doi: 10.1158/0008-5472.

Perini G, Milazzo G, Narayan N, Ekert PG. Letting the breaks off MYCN. Cell Death Differ. 2016 Dec;23(12):1904-1905. doi: 10.1038/cdd.2016.112.

Giordani G, Barraco M, Giangrande A, Martinelli G, Guadagnuolo V, Simonetti G, Perini G, Bernardoni R. The human Smoothened inhibitor PF-04449913 induces exit from quiescence and loss of multipotent Drosophila hematopoietic progenitor cells. Oncotarget. 2016 Aug 23;7(34):55313-55327. doi: 10.18632/oncotarget.10879

Amente S, Milazzo G, Sorrentino MC, Ambrosio S, Di Palo G, Lania L, Perini G, Majello B. Lysine-specific demethylase (LSD1/KDM1A) and MYCN cooperatively repress tumor suppressor genes in neuroblastoma. Oncotarget. 2015 Jun 10;6(16):14572-83

Liu PY, Erriquez D, Marshall GM, Tee AE, Polly P, Wong M, Liu B, Bell JL, Zhang XD, Milazzo G, Cheung BB, Fox A, Swarbrick A, Hüttelmaier S, Kavallaris M, Perini G, Mattick JS, Dinger ME, Liu T. Effects of a novel long noncoding RNA, lncUSMycN, on N-Myc expression and neuroblastoma progression. J Natl Cancer Inst. 2014 Jun 6;106(7). doi: 10.1093/jnci/dju113

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