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Dipartimento di Farmacia e Biotecnologie - FABIT

Chimica Farmaceutica Computazionale. Coordinatore: Masetti

La nostra ricerca è incentrata sull’applicazione e lo sviluppo di strumenti in silico, principalmente basati su chimica/biologia computazionale e simulazioni molecolari, con l’obiettivo di razionalizzare e predire proprietà e caratteristiche di sistemi molecolari di interesse farmaceutico.

Ambiti: Genomica Identificazione e sviluppo di farmaci
Esempio di interazione tra un composto bioattivo ed un target di tipo RNA

Temi di ricerca del gruppo

- Studi di Docking e Virtual Screening: il nostro gruppo di ricerca impiega routinariamente metodi di Docking e Virtual Screening per accelerare il processo di identificazione e sviluppo di molecole bioattive.

- Applicazione e sviluppo di metodi basati sulle simulazioni di dinamica molecolare: il nostro gruppo di ricerca ha una consolidata esperienza nell’utilizzo di metodi simulativi avanzati, sia atomistici che multiscala e di campionamento accelerato.

Membri del Laboratorio

Matteo Masetti, Professore Associato

Andrea Cavalli, Professore Ordinario 

Federico Falchi, RTDb 

Riccardo Ocello, Collaboratore IIT 

Mattia Bernetti, Collaboratore IIT

Riccardo Aguti, Dottorando

Veronica Bresciani, Dottoranda

Stefano Bosio, Dottorando

Progetti di internato

2/3 per anno

Pubblicazioni significative 

    • Domene, C., Ocello, R., Masetti, M., Furini, S. (2021). "Ion conduction mechanisms as a fingerprint of potassium channels." J. Am. Chem. Soc. 143: 12181-12193. https://doi.org/10.1021/jacs.1c04802.
    • Bernetti, M., Masetti, M., Recanatini, M., Amaro, R. E., Cavalli, A. (2019). "An integrated Markov State Model and path metadynamics approach to characterize drug binding processes." Chem. Theor. Comput. 15: 5689-5702. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00450.
    • Schuetz, D. A., Bernetti, M., Bertazzo, M., Musil, D., Eggenweiler, H. M.; Recanatini, M., Ecker, G. F., Cavalli, A. (2019). "Predicting residence time and drug unbinding pathway through scaled molecular dynamics." Chem. Inf. Model. 59: 535-549. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00614.
    • De Vivo, M., Masetti, M., Bottegoni, G., Cavalli, A. (2016). "Role of molecular dynamics and related methods in drug discovery." Med. Chem. 59: 4035-4061. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b01684.
    • Masetti, M., Xie, H., Krpetić, Z., Recanatini, M., Alvarez-Puebla R. A., Guerrini, L. (2015). "Revealing DNA interactions with exogenous agents by surface-enhanced Raman scattering." J. Am. Chem. Soc. 137: 469-476. https://doi.org/10.1021/ja511398w.

     

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