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Dipartimento di Farmacia e Biotecnologie - FABIT

Chimica Farmaceutica Computazionale. Coordinatore: Masetti

La nostra ricerca è incentrata sull’applicazione e lo sviluppo di strumenti in silico, principalmente basati su chimica/biologia computazionale e simulazioni molecolari, con l’obiettivo di razionalizzare e predire proprietà e caratteristiche di sistemi molecolari di interesse farmaceutico

Ambiti: Genomica Identificazione e sviluppo di farmaci
Esempio di un sistema studiato attraverso simulazioni molecolari

Temi di ricerca del gruppo

- Studi di Docking e Virtual Screening: il nostro gruppo di ricerca impiega routinariamente metodi di Docking e Virtual Screening per accelerare il processo di identificazione e sviluppo di molecole bioattive.

- Applicazione e sviluppo di metodi basati sulle simulazioni di dinamica molecolare: il nostro gruppo di ricerca ha una consolidata esperienza nell’utilizzo di metodi simulativi avanzati, sia atomistici che multiscala e di campionamento accelerato.

Membri del Laboratorio

Matteo Masetti, Professore Associato

Andrea Cavalli, Professore Ordinario 

Federico Falchi, Professore Associato

Riccardo Ocello, Collaboratore IIT 

Veronica Bresciani, Dottoranda

Stefano Bosio, Dottorando

Progetti di internato

2/3 per anno

Pubblicazioni significative

  • Bernetti, M.; Bosio, S.; Bresciani, V.; Falchi, F.; Masetti, M. (2024). " Probing allosteric communication with combined molecular dynamics simulations and network analysis." Opin. Struct. Biol. 86: 1-10. https://doi.org/10.1016/j.sbi.2024.102820.
  • Domene, C.; Ocello, R.; Masetti, M.; Furini, S. (2021). "Ion conduction mechanisms as a fingerprint of potassium channels." Am. Chem. Soc. 143: 12181-12193. https://doi.org/10.1021/jacs.1c04802.
  • Bernetti, M.; Masetti, M.; Recanatini, M.; Amaro, R. E.; Cavalli, A. (2019). "An integrated Markov State Model and path metadynamics approach to characterize drug binding processes." Chem. Theor. Comput. 15: 5689-5702. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00450.
  • Schuetz, D. A.; Bernetti, M.; Bertazzo, M.; Musil, D.; Eggenweiler, H. M.; Recanatini, M.; Ecker, G. F.; Cavalli, A. (2019). "Predicting residence time and drug unbinding pathway through scaled molecular dynamics." Chem. Inf. Model. 59: 535-549. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00614.
  • Sondo, E.; Falchi, F.; Caci, E.; Ferrea, L.; Giacomini, E.; Pesce, E.; Tomati, V.; Bertozzi, S. M.; Goldoni, L.; Armirotti, A.; Ravazzolo, R.; Cavalli, A. (2018). "Pharmacological Inhibition of the Ubiquitin Ligase RNF5 Rescues F508del-CFTR in Cystic Fibrosis Airway Epithelia." Cell Chem. Biol. 25: 891-905. https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2018.04.010.

 

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